市国库集中收付中心承担和办理财政性资金的集中支付业务，建立内控制度显得尤其重要。健全的内控制度是充分发挥财政职能作用，确保财政性资金支付安全、及时、准确的重要保障。

近年来，随着预算管理改革的不断深化和省预算执行一体化系统上线，中心内控理念持续深化，管理机制不断完善，主要体现在四个方面。一是积极构建“大支付”机制，使得财政直接支付更加高效，避免重复审核，多头审核。二是优化授权支付预警处理机制，关口前移，突出监控实效，防止增加纠偏的难度。三是严密资金清算控制机制，财政资金清算前后分别与代理银行对账，把好集中支付最后一道关，防止支付与清算脱节。四是以业务与技术双融合为目标，将安全、便捷、高效的内部控制流程嵌入固化到预算执行一体化系统，有效防范支付风险，提高支付效率，推动支付管理规范化、标准化。